2045年の「災厄の日」――。突如、謎の巨大生物が空から現れ、東京、ニューヨーク、ロサンゼルスといった大都市を襲撃した。人類は「昆虫」と呼ばれるこれらの生物に脅かされ続けた。それから10年が経ち、人類は日々襲撃される生物に対抗する手段を見出した。それは、「災厄の日」の孤児たちにバイオコンピューター細胞を組み込むことで生まれた「人間兵器」だった。兵器と化した「災厄の日」の孤児、雨宮純は、「平和の守護神：プロメテウス」として、憎き「昆虫」を殲滅し続ける！そして、「昆虫」との異種族間闘争が激化する中、彼はこの大戦の深淵に触れる――！！